장기보유특별공제는 일반 부동산 최대 30%, 2년 이상 거주한 1세대 1주택은 최대 80%까지 양도차익을 줄여 줍니다. 표1·표2 공제율표, 15억 아파트 계산 예시 3가지, 보유·거주기간 기준과 매도 전 점검 7단계를 정리했습니다.
땅구미 절세노트 · 양도세 실무노트
장기보유특별공제는 3년 이상 보유한 부동산을 팔 때 양도차익의 일부를 빼 주는 제도로, 일반 부동산은 보유기간에 따라 연 2%씩 최대 30%(표1), 2년 이상 거주한 1세대 1주택은 보유 연 4% + 거주 연 4%로 최대 80%(표2)까지 공제됩니다. 같은 집이라도 실제로 산 기간이 몇 년인지에 따라 양도세가 수백만 원에서 수천만 원까지 달라지므로, 팔기 전에 보유기간과 거주기간을 따로 계산해 봐야 합니다. 아래에서 공제율표, 15억 아파트 계산 예시, 거주기간 판단 기준, 매도 전 점검 7단계를 순서대로 정리했습니다.
홈택스 세금모의계산 메뉴에서 보유·거주기간을 넣어 예상 세액을 확인할 수 있습니다.
먼저 결론
- 장기보유특별공제는 3년 이상 보유해야 적용되며, 3년 미만이면 공제가 없습니다.
- 표1(일반): 보유 3년 6%부터 연 2%씩, 15년 이상 최대 30%입니다.
- 표2(1세대 1주택·2년 이상 거주): 보유 연 4%(최대 40%) + 거주 연 4%(최대 40%) = 최대 80%입니다.
- 12억 원을 넘는 고가 1주택은 12억 초과분에 해당하는 양도차익에만 공제를 적용합니다.
- 보유 10년이라도 거주가 2년 미만이면 표2를 쓸 수 없어 공제율이 크게 떨어집니다.
1. 장기보유특별공제란? 적용 대상과 제외 대상
양도소득세는 양도차익(판 가격 − 산 가격 − 필요경비)에서 장기보유특별공제를 빼고, 다시 기본공제 250만 원을 뺀 뒤 세율을 곱해 계산합니다. 장기보유특별공제는 오래 보유한 만큼 물가 상승분 등을 고려해 과세 대상 차익을 줄여 주는 장치입니다.
| 적용되는 경우 | 적용되지 않는 경우 |
|---|---|
| 3년 이상 보유한 토지·건물(주택 포함) | 보유기간 3년 미만 |
| 조합원입주권(관리처분인가 전 양도차익 부분) | 분양권, 주식 |
| 1세대 1주택 고가주택(12억 초과분) | 미등기 양도자산 |
| 비사업용 토지(표1 적용) | 중과세율이 적용되는 다주택자의 조정대상지역 주택(중과 적용 여부 확인 필요) |
1세대 1주택 비과세 요건을 모두 갖추고 양도가액이 12억 원 이하라면 양도세 자체가 없으므로 장기보유특별공제를 계산할 필요가 없습니다. 비과세 요건은 1세대 1주택 비과세 요건 완전정리에서 먼저 확인하세요.
2. 표1·표2 장기보유특별공제율표
소득세법은 공제율을 두 가지 표로 나눕니다. 일반 부동산은 표1, 2년 이상 거주한 1세대 1주택(고가주택)은 표2를 적용합니다.
| 기간 | 표1 (보유) | 표2 보유분 | 표2 거주분 |
|---|---|---|---|
| 2년 이상~3년 미만 | – | – | 8% (보유 3년 이상인 경우) |
| 3년 이상~4년 미만 | 6% | 12% | 12% |
| 4년 이상~5년 미만 | 8% | 16% | 16% |
| 5년 이상~6년 미만 | 10% | 20% | 20% |
| 6년 이상~7년 미만 | 12% | 24% | 24% |
| 7년 이상~8년 미만 | 14% | 28% | 28% |
| 8년 이상~9년 미만 | 16% | 32% | 32% |
| 9년 이상~10년 미만 | 18% | 36% | 36% |
| 10년 이상 | 20%(이후 연 2%씩) | 40%(최대) | 40%(최대) |
| 15년 이상 | 30%(최대) | 40% | 40% |
표2는 보유분과 거주분을 더해 적용합니다. 예) 보유 10년·거주 10년 = 40% + 40% = 80%, 보유 10년·거주 2년 = 40% + 8% = 48%.
3. 15억 아파트 계산 예시 3가지
아래는 7억 원에 사서 10년 보유 후 15억 원에 판 아파트(필요경비 5,000만 원, 양도차익 7억 5,000만 원)를 가정한 계산입니다. 세액은 기본세율(6~45%)과 지방소득세 10%를 적용했고, 기타 감면은 반영하지 않았습니다.
| 구분 | A. 1주택·10년 거주 | B. 1주택·2년 거주 | C. 비과세 요건 미충족(일반세율) |
|---|---|---|---|
| 공제 대상 양도차익 | 7.5억 × (15억−12억)/15억 = 1억 5,000만 | 1억 5,000만 | 7억 5,000만 전액 |
| 적용 표·공제율 | 표2 80% | 표2 48% | 표1 20% |
| 양도소득금액 | 3,000만 원 | 7,800만 원 | 6억 원 |
| 과세표준(기본공제 250만 차감) | 2,750만 원 | 7,550만 원 | 5억 9,750만 원 |
| 양도세(지방세 포함) | 약 315만 원 | 약 1,360만 원 | 약 2억 3,651만 원 |
같은 집을 같은 기간 보유했는데도 거주 10년(A)과 거주 2년(B)의 세금 차이는 약 1,045만 원입니다. 비과세 요건을 놓쳐 일반 과세가 되면(C) 세금이 수십 배로 커집니다. 매도 대금에서 세금을 빼고 실제 손에 남는 금액은 아파트 매도 실수령액 계산법으로 이어서 계산해 보세요.
4. 보유기간·거주기간 계산 기준
공제율은 기간 1년 차이로 바뀌기 때문에 날짜 계산이 중요합니다.
- 보유기간: 취득일부터 양도일까지입니다. 일반적으로 잔금일과 등기접수일 중 빠른 날이 취득일·양도일이 됩니다. 자세한 기준은 부동산 취득일, 잔금일과 등기일을 참고하세요.
- 거주기간: 주민등록상 전입일부터 전출일까지를 기준으로 보며, 실제 거주 사실도 함께 봅니다. 여러 번 들어가 살았다면 거주한 기간을 합산합니다.
- 증여받은 주택: 증여받은 날부터 보유기간을 셉니다. 증여 후 10년 안에 팔면 이월과세로 증여자의 취득일부터 계산하는 경우가 있으니 증여 후 양도 이월과세 10년을 확인하세요.
- 상속받은 주택: 장기보유특별공제의 보유기간은 상속개시일(사망일)부터 셉니다.
- 부부 공동명의: 각자 지분별로 계산하되, 1세대 1주택 판단과 거주기간은 세대 기준으로 봅니다.
5. 장기보유특별공제 매도 전 점검 7단계
1단계: 취득일과 예상 양도일을 적습니다
등기부등본과 매매계약서로 취득 잔금일을 확인하고, 매도 잔금일을 가정해 보유기간을 년·월 단위로 계산합니다. 몇 주 차이로 다음 공제율 구간에 들어가는지 먼저 봅니다.
2단계: 주민등록초본으로 거주기간을 확인합니다
주민등록초본의 전입·전출 이력으로 실제 거주기간을 합산합니다. 거주 2년이 안 되면 표2를 쓸 수 없으므로, 2년까지 얼마 남았는지가 핵심입니다.
3단계: 1세대 1주택 여부를 판단합니다
양도일 현재 세대원 전체의 주택 수를 확인합니다. 일시적 2주택이나 상속주택 특례에 해당하는지도 함께 봅니다.
4단계: 12억 초과 여부와 과세 대상 차익을 계산합니다
양도가액이 12억 원을 넘으면 “양도차익 × (양도가액 − 12억) ÷ 양도가액”으로 과세 대상 차익을 구하고, 여기에 공제율을 적용합니다.
5단계: 필요경비 증빙을 모읍니다
취득세, 중개보수, 샷시·확장 같은 자본적 지출은 양도차익을 줄여 줍니다. 공제율을 곱하기 전 단계라 증빙이 많을수록 세금이 줄어듭니다. 인정 항목은 양도세 필요경비 증빙 정리법에서 확인하세요.
6단계: 매도 시점별 세액을 비교합니다
지금 팔 때와 거주 2년·보유 다음 구간을 채운 뒤 팔 때의 세액을 나란히 계산합니다. 차이가 크다면 잔금일을 조정하는 방안을 매수자와 협의할 수 있습니다.
7단계: 신고기한 안에 예정신고합니다
양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득세 예정신고를 합니다. 기한 계산은 아파트 양도세 신고기한 계산법을 참고하세요.
표2 80% 공제의 전제 조건을 이어서 확인할 수 있습니다.
6. 2026년 세제개편안에서 볼 점
정부가 2026년 8월 3일 발표한 세제개편안에는 양도세 장기보유특별공제를 보유보다 거주 중심으로 재편하는 내용이 들어 있습니다. 보유만 오래 하고 실제로 살지 않은 주택은 앞으로 공제가 줄어들 수 있다는 뜻입니다.
다만 이는 정부안이며 국회 심의에서 바뀔 수 있고, 적용 시기도 법 개정 이후입니다. 이 글의 공제율표는 현행 소득세법 기준입니다. 매도를 앞두고 있다면 현행 기준으로 세액을 계산하되, 개정안이 확정되면 적용 시기와 경과규정을 다시 확인하세요.
실수 방지 체크리스트
- 보유기간이 3년 이상인지, 다음 공제율 구간까지 며칠 남았는지 확인했나요?
- 주민등록초본으로 실제 거주기간 합계가 2년 이상인지 확인했나요?
- 양도일 현재 세대원 전체의 주택 수를 확인했나요?
- 12억 초과분 비율을 곱한 뒤 공제율을 적용했나요?
- 표2를 쓸 수 없는 경우 표1로 다시 계산했나요?
- 증여·상속으로 받은 주택의 보유기간 기산일을 확인했나요?
- 필요경비 증빙을 모아 양도차익부터 줄였나요?
- 예정신고 기한(양도일이 속한 달 말일부터 2개월)을 달력에 적었나요?
자주 묻는 질문 10개
1. 보유 2년 11개월이면 공제받을 수 있나요?
아닙니다. 장기보유특별공제는 보유기간 3년 이상부터 적용됩니다. 한 달 차이로 공제가 없을 수 있으니 잔금일을 확인하세요.
2. 거주 2년을 못 채우면 공제가 0%인가요?
표2는 쓸 수 없지만, 보유 3년 이상이면 표1(연 2%, 최대 30%)은 적용됩니다.
3. 12억 이하 1주택도 장기보유특별공제를 받나요?
비과세 요건을 갖췄다면 양도세 자체가 없으므로 공제를 계산할 필요가 없습니다. 비과세 요건을 못 갖췄다면 표1로 계산합니다.
4. 토지도 장기보유특별공제를 받나요?
네. 3년 이상 보유한 토지는 표1을 적용합니다. 비사업용 토지도 장기보유특별공제는 적용됩니다.
5. 전세 준 기간도 보유기간에 들어가나요?
보유기간에는 들어가지만 거주기간에는 들어가지 않습니다. 표2의 거주분 공제율은 본인이 실제 산 기간으로만 계산합니다.
6. 부부 중 한 명만 살았다면요?
거주기간은 1세대 기준으로 판단하는 것이 원칙이지만, 세대 구성과 명의에 따라 해석이 달라질 수 있어 세무 상담으로 확인하는 편이 안전합니다. 명의별 차이는 공동명의 주택 장단점을 참고하세요.
7. 재건축으로 멸실된 기간도 보유기간에 들어가나요?
재건축·재개발 주택은 종전 주택의 보유기간과 공사기간 등을 합산하는 특례가 있습니다. 조합원 입주권 상태로 팔 때는 계산 방식이 달라지므로 개별 확인이 필요합니다.
8. 장기보유특별공제는 신고할 때 따로 신청하나요?
별도 신청서는 없고, 양도소득세 신고서에 보유·거주기간을 입력하면 공제율이 반영됩니다. 거주기간을 증명할 서류는 보관해 두세요.
9. 오피스텔도 표2를 받을 수 있나요?
주거용으로 사용해 주택으로 인정되고 1세대 1주택 요건을 갖추면 가능성이 있습니다. 업무용이면 표1을 적용합니다.
10. 세제개편안이 통과되면 이미 오래 산 집도 바뀌나요?
적용 시기와 경과규정은 최종 법안에 따라 정해집니다. 개정안이 확정되기 전까지는 현행 기준으로 판단하세요.
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공식 출처와 확인일
- 국가법령정보센터 · 소득세법 — 장기보유특별공제(제95조), 고가주택 양도차익 계산, 양도소득세율(제104조)
- 국가법령정보센터 · 소득세법 시행령 — 1세대 1주택 거주기간 계산, 표2 적용 요건(제159조의4)
- 국세청 홈택스 — 양도소득세 모의계산, 예정신고
- 제이티 세무법인 · 2026 세제개편안 총정리 — 장기보유특별공제 거주 중심 재편 방향(정부안)
자료 확인일: 2026년 9월 24일
본 글은 일반적인 세금 정보이며 개인별 세금 판단을 대신하지 않습니다. 계산 예시는 감면·중과·세부 특례를 반영하지 않은 가정이며, 실제 세액은 개인 조건에 따라 달라집니다. 매도 전에 홈택스 모의계산 또는 세무 전문가에게 확인하시기 바랍니다.
작성자: 송석 · 땅구미 절세노트